Более совершенное представление о препарате дает наблюдение с помощью метода фазовых контрастов. Этот метод позволяет наблюдать неокрашенные, неконтрастные объекты, получая контрастное их изображение, в котором темные и светлые места соответствуют различной толщине, или оптической плотности, в препарате. Метод фазовых контрастов открывает широкие возможности исследования неокрашенных препаратов. Он, несомненно, найдет применение во всех областях биологии, бактериологии и т. д. В флуоресцентной микроскопии в качестве активаторов свечения применяют ультрафиолетовое излучение или видимый сине-фиолетовый свет. Одни вещества в клетке обладают автофлуоресценцией, другие становятся флуоресцирующими после предварительной обработки флуорохромами. Флуоресцентный метод применяется для качественного распознавания и количественного определения малигнизированных клеток, которые избирательно накапливают специальные флуорохромы, обладающие автолюминесценцией.